Karmeličani ob svojem odhodu s Kostanjevice leta 1785 niso pustili za seboj nobenega knjižnega gradiva. Ko so jih leta 1811 nasledili frančiškani, so ti prinesli s seboj tudi knjige, ki so jih bili leta 1786 pred tem odnesli s Svete Gore, ki so jo bili prisiljeni zapustiti. Svetogorskih knjig je bilo kakih pet tisoč, vendar so se ob raznih selitvah delno porazgubile in tako je leta 1811 prišlo na Kostanjevico manj kot dva tisoč knjig. Danes rokopisne vpise, da so pripadale samostanu na Sveti Gori, nosi 1860 knjig.
Knjižnica se je pozneje razširila in obogatila, saj je na Kostanjevici delovala frančiškanska gimnazija. Tako je služila patrom za branje, študij in pripravo na pridige, pa tudi šoli, študiju filozofije in teologije ter s tem večjemu številu študentov in patrov – profesorjev. Zaradi prve svetovne vojne je gimnazija prenehala delovati in je bila leta 1916 prestavljena v Kamnik. Bogato gradivo je pridobila knjižnica v desetletjih, ko je tu znanstveno deloval p. Stanislav Škrabec, najprej zato, ker je on sam s sodelavci veliko gradiva potreboval kot vir za izdajanje frančiškanskega Cvetja z vertov svetega Frančiška, potem pa tudi zato, ker so mu znanstveniki z vsega sveta pošiljali svoja dela v oceno ali v dar.
Hude čase je knjižnica doživela med prvo svetovno vojno, ko je bila najprej spravljena v sodih v samostanski kleti, nato pa so jo Italijani odpeljali v Videm. V obdobju med obema svetovnima vojnama so iz nje pretežno izginili slovenski tiski. Ob koncu druge svetovne vojne pa so italijanski redovniki odnesli v Italijo vse inkunabule in druge dragocene tiske, ki so jih po posredovanju redovnih, cerkvenih in slovenskih državnih oblasti vrnili šele leta 1962.
Razvoj knjižnice delno lahko spremljamo po katalogih, ki so nastali v letih 1788, 1852, 1858 in pred letom 1914; zadnjega (avtorskega in predmetnega) je v letih 1930–1932 sestavil p. Romano Aldegheri.
Leta 1998 je bila knjižnica popolnoma preurejena, prostor pa je bil obnovljen in na novo opremljen. Sobo ob knjižnici so povezali s knjižnico in jo spremenili v pisarno knjižnice, del hodnika ob knjižnici pa je postal razstavni prostor. Danes je urejena v dveh večjih sobah v samostanskem traktu in ima nad 16.500 knjig.
Med njimi je za nas najpomembnejša prva slovnica slovenskega jezika avtorja Adama Bohoriča Arcticae horulae (Zimske urice, 1584) z lastnoročnim posvetilom avtorja.
Zaradi vseh dragocenosti je knjižnica od leta 1952 spomeniško zaščitena.
Leta 2001 sta se začela temeljito urejanje in katalogizacija knjižnega fonda, ki se nadaljuje z digitalizacijo najpomembnejšega in najdragocenejšega knjižnega gradiva.
V knjižnici je največ del s cerkvenega področja (filozofija, teologija, Sveto pismo, življenje svetnikov, pridižna literatura ipd.). Zaradi šole, ki je bila v samostanu, pa najdemo v knjižnici tudi knjige z drugih področij, saj je morala šola izpolnjevati državni učni program. V knjižnici je zastopanih 25 jezikov. Največ knjig je v nemškem jeziku (5186), nekaj manj jih je v latinskem in italijanskem. Slovenskih se je do danes ohranilo dobrih tisoč, saj naj bi jih precej izginilo v času bivanja italijanskih frančiškanov na Kostanjevici.
Med najdragocenejše bisere knjižnice sodijo tudi inkunabule ali prvotiski, knjige, ki so bile natisnjene pred letom 1500. Knjižnica jih danes hrani 30; najstarejša med njimi, ki je hkrati tudi najstarejša knjiga v naši knjižnici, je iz leta 1476.
Samostanska knjižnica se imenuje po p. Stanislavu Škrabcu (1844–1918), največjem slovenskem jezikoslovcu slovenistu 19. stoletja, ki je na Kostanjevici živel več kot štirideset let in je bil tu gotovo najbolj povezan s slovensko pisano besedo.
Knjižnico je več kot pol stoletja strokovno spremljal in zanjo skrbel Marijan Brecelj.
P. Stanislav Škrabec
P. Stanislav Škrabec se je rodil 7. januarja 1844 v Hrovači pri Ribnici na Dolenjskem in dobil pri krstu ime Anton. Ljudsko šolo je obiskoval v Ribnici, gimnazijo v Ljubljani, teologijo pa je študiral dve leti na Kostanjevici in dve leti v Ljubljani. Leta 1867 je bil posvečen v duhovnika in bil dve leti v Novem mestu na frančiškanski gimnaziji profesor pripravnik. Po treh letih študija klasičnega in slovanskega jezikoslovja v Gradcu se je leta 1873 preselil na Kostanjevico, kjer je bil na tamkajšnji gimnaziji učitelj grščine, latinščine, slovenščine, hrvaščine in nemščine ter nekaj časa tudi ravnatelj.
Na Kostanjevici je od leta 1885 oz. že od leta 1880 urejal in izdajal nabožno revijo za člane tretjega reda sv. Frančiška, Cvetje z vertov svetega Frančiška, kjer je na platnicah objavljal svoje jezikoslovne članke in razprave. Bil je zagovornik tradicije v slovenskem knjižnem jeziku, težišče njegovega jezikoslovja pa so govorne in pisne značilnosti slovenskega jezika (glasoslovje, pisava, pravopis, naglas in deloma tudi stavčna fonetika). Velja za očeta slovenske fonetike. Več kot 42 let je živel na Kostanjevici, leta 1915 pa se je moral umakniti pred soško fronto in je tri leta pozneje, 6. oktobra 1918, umrl v Ljubljani. Pokopan je na pokopališču manjših bratov na ljubljanskih Žalah.
Pri vhodu v samostan je Klub starih goriških študentov leta 1970 vzidal spominsko ploščo z napisom, katerega prvi del je za Škrabčevo nagrobno ploščo sestavil njegov naslednik pri urejanju Cvetja, p. Evstahij Berlec. Naslednje leto so cesto na severnem pobočju poimenovali Škrabčeva ulica.
Ob 200. obletnici prihoda frančiškanov, leta 2011, pa je na pobudo samostana družina Škrabčevih iz Hrovače dala postaviti v vrsto pomembnih mož na Erjavčevi ulici tudi njegov doprsni kip. P. Stanislav je bil gotovo tisti prebivalec Kostanjevice, ki je s svojim delom kot redovnik, duhovnik, urednik in jezikoslovec najširše zaznamoval slovenski prostor.
Več o p. Stanislavu Škrabcu najdete v Slovenskem biografskem leksikonu: http://www.slovenska-biografija.si/oseba/sbi655946/.
Cvetje z vertov sv. Frančiška
Leta 1880 so frančiškani na Kostanjevici začeli izdajati Cvetje z vertov svetega Frančiška, časopis za naše verno ljudstvo, zlasti za ude tretjega reda svetega Frančiška. Tako je dobil Škrabec s prvo številko Cvetja na ovitku svoj jezikovni kotiček, ki ga je prva štiri leta urejal p. Evstahij Ozimek, od 5. številke petega letnika pa 32 let Škrabec sam. Ta skromni listič, ki je izhajal v 3000 izvodih (v letih 1880–1915 na Kostanjevici, nato do leta 1918 v Kamniku), je med znanstveniki zaslovel po Škrabčevih razpravah o glasu in naglasu našega jezika, o oblikoslovju, fonetiki, skladnji, narečjih in še o marsičem. V 35 letih se je nabralo nad 1200 strani jezikoslovnih obravnav, ki so zanesle slovenska jezikoslovna vprašanja po vsem svetu – to je bila slovenska jezikoslovna zbornica (Jakob Šolar). 
Svoje razprave je pisal na poljuden, vsem razumljiv način. Bil je vnet zagovornik maternega jezika, tujke pa je neusmiljeno preganjal. Prepričan je bil, da Slovenci svoj jezik in sebe premalo cenimo. Z vsem srcem je veroval: »Naša slovenščina je eden najlepših jezikov na svetu.«
V skladu s tem si je prizadeval, da bi slovenščina našla svoje mesto tudi v bogoslužju. V zapisu Opombe glede obrednika tretjega reda, objavljenega v Cvetju leta 1884, se Škrabec sprašuje, ali se sme rabiti slovenski obrednik brez posebnega dovoljenja iz Rima; na to odgovarja, da se ne le sme, ampak se pravzaprav tudi mora, kjer je to mogoče. Pred očmi je imel daljše obredne molitve v latinščini za tretjerednike, ki jih preprosti ljudje ne razumejo. »Kar je namenjeno ljudstvu in skupni molitvi z njim, naj bo razumljivo in domače.«
Nekoč je dejal: »Napake in norosti jezika bi se imele popravljati po šolah; žal da mnogi učitelji sami ne vejo, kaj je prav in kaj ne.«
Zanimiva je tudi njegova misel, da bi se ob tisoči obletnici smrti svetega Metoda (1885) brala sveta maša po vsem slovenskem ozemlju v slovenskem jeziku. Rekel je: »To bi bil korak proti blestečemu cilju, ki sta nam ga postavila sveta brata Ciril in Metod.« Tedaj je bil ponemčevalni pritisk hud in bili so poizkusi, da bi prepovedali celo slovensko petje. Škrabec je zavrnil Nemce: »Tu je Slovenija; če bi šel jaz drugam, bi se moral tudi prilagoditi!« Nemška vlada je protestirala, a nemščina pri nas ni nikoli postala bogoslužni jezik.