Poslanstvo župnije Nova Gorica – Kapela je služiti ljudem, ki živijo na ozemlju župnije, in vsem, ki prihajajo na Kostanjevico kot romarsko božjo pot ali kot v prvo župnijo mesta Nova Gorica. Frančiškani želijo služiti tudi pri župnijskem delu v duhu sv. Frančiška, v preprostosti in iskrenosti, in se pri vsem svojem delu zavedati, da je »človek pot Cerkve«.
Pisanje zgodovine župnije Nova Gorica – Kapela se zagotovo ni začelo 16. septembra 1947, ko je takratni apostolski administrator za del goriške škofije, ki je bil z državno mejo med Italijo in takratno Jugoslavijo odrezan od svojega škofijskega središča, z dekretom ustanovil začasni neodvisni vikariat. Poseči je treba skoraj 400 let v preteklost, ko je Kostanjevica postala kraj, kjer so ljudje čutili Božjo bližino, sem romali in se priporočali v varstvo in priprošnjo Kostanjeviške Matere Božje. Tudi zgodovina župnije se začenja z zgodovino prve kostanjeviške cerkvice ter se nadaljuje s postavitvijo prvega samostana in s prihodom prvih varuhov cerkve in samostana.
Nova meja je dele goriške nadškofije dokončno odrezala od škofijskega središča, prav tako pa je dele nekaterih goriških župnij odtrgala od župnijskih sedežev v Gorici. Za apostolskega administratorja dela goriške nadškofije, ki se je znašel v Jugoslaviji, je bil imenovan dr. Franc Močnik. Takoj prvi dan, 16. septembra 1947, je apostolski administrator ustanovil na Kostanjevici »samostojno vikarijo«, v katero so bili vključeni deli župnij sv. Ignacija, sv. Vida in Modesta, sv. Roka in sv. Hilarija (stolna župnija), ki so pripadali Jugoslaviji. Z istim dekretom je bil p. Otmar Vostner imenovan za vikarja.
V prvih letih je cerkveno in samostansko življenje na Kostanjevici krojila bližina državne meje, pa tudi sovražen odnos tedanjih oblasti do Kostanjevice in do Cerkve.
15. junija 1950 se je iz Poreča preselil na Kostanjevico mons. dr. Mihael Toroš, apostolski administrator za jugoslovanski del goriške nadškofije. Državna oblast je zanj uredila vzhodni del samostana, prej imenovani burg.
16. novembra 1953 je apostolski administrator povišal samostojni vikariat na Kostanjevici v župnijo in p. Otmarja imenoval za prvega župnika. 1. septembra leta 1954 je sveti sedež dovolil, da se župnija za trajno izroči oz. inkorporira frančiškanskemu redu.
5. junija 1976 je bila v Novi Gorici ustanovljena še ena župnija, župnija Kristusa Odrešenika. Del ozemlja kapelske župnije je bil priključen novonastali župniji. Leta 1982 je bila posvečena nova cerkev.
Istega leta je bil v Novi Gorici na ozemlju kapelske župnije odprt dom upokojencev. V soglasju z upravo doma ali na željo oskrbovancev patri obiskujejo v domu tiste, ki ne morejo v cerkev. Na praznik vseh svetih leta 1977 so bile na novem pokopališču v Stari Gori prvič molitve za rajne, od leta 1995 pa so te molitve ob postavljenem pokopališkem križu.